มูลนิธิโยนกก่อตั้งขึ้นโดย ดร.นิรันดร์ จิวะสันติการ ผู้ก่อตั้งมหาวิทยาลัยโยนกในปี 2531 โดยมี ดร.ศุภชัย พานิชภักดิ์ อดีตผู้อำนวยการองค์การการค้าโลก (WTO) และ ปัจจุบันดำรงตำแหน่งเลขาธิการสำนักงานการค้าและพัฒนาองค์กรสหประชาชาติอังค์ถัด (UNCTAD) ดำรงตำแหน่งประธานกรรมการมูลนิธิ